南京明基医院为明基友达集团本着回馈社会、服务民众的精神，经国家卫生部批准投资设立的中外合资合作医院。医院依据国家三级综合医院标准建立，占地600亩。工程分三期，其中一期投资16亿元人民币，主要以开展普通医疗与特需医疗服务为目标，建成1,500床；二、三期将增加科研实验、临床教学及健康促进等医疗项目，较终将发展至3,000床规模。
医院设有内、外、妇、儿、中医、急诊等一级临床科室，配备检验、影像、病理、实验室等医技科室，高水平配置内镜中心、重症监护病房(ICU)、国际医疗中心、心脏中心、肿瘤放疗中心、血液净化中心、康复医学中心等，提供普通医疗、特需医疗、健康管理等综合医疗服务，开展医疗、康复、预防保健、科研、教学等医学活动。拥有众多台湾、海外及大陆医疗专家200余名为民众提供高品质的医疗服务。
在省市各项政策扶持下，依托集团强有力的支持、南京丰富的高校及医疗资源和地域优势，南京明基医院在建院两周年之际，提出了10年发展战略：以优质医疗服务为基础，以诚信为准则，以整合集成资源为手段，全面创建集医疗服务、生物科技研发、转化医学研究为一体的明基医疗中心BenQ Medical Center.