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  單細胞測序--改善CAR T細胞免疫治療性能！
  
  2022-07-08 來源：轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)網(wǎng)
  
  圣裘德兒童研究醫(yī)院的科學(xué)家已經(jīng)證明，在某些情況下，可以在治療前預(yù)測癌癥殺傷性嵌合抗原受體（CAR）T細胞的長期性能。該研究提供了一個獨特的基于細胞測序的框架來測量和改善CAR T細胞免疫治療性能。該報告今天發(fā)布于《Cancer Discovery》。
  
  01 CAR T細胞療法遇瓶頸
  
  CAR T細胞工作途徑是通過利用患者的免疫系統(tǒng)來識別和殺死癌細胞。免疫療法已被證明可用于有效治療白血病和淋巴瘤的兒童或成人患者，但隨著時間的推移，這種療法有時不會奏效。
  
  利用實驗室中的先進技術(shù)，圣裘德研究人員在用于治療的CAR T細胞總數(shù)組中挑選出一小部分CAR T細胞，當(dāng)輸注給急性淋巴細胞白血病（ALL）兒童時，其表現(xiàn)出大部分持久的抗癌活性。
  
  科學(xué)家們創(chuàng)建的方法學(xué)框架作為模板，通過提供這些復(fù)雜免疫療法指南來改善其他CAR T細胞療法。
  
  輸注前產(chǎn)物中的少數(shù)CAR陽性T細胞，實際上有助于患者的抗腫瘤反應(yīng)。
  
  在研究之前，研究人員假設(shè)在單一制劑中創(chuàng)建的大多數(shù)CAR T細胞都是相似的，癌癥清除活性代表這些制備細胞的平均活性。
  
  02 潛在成功的標(biāo)志
  
  科學(xué)家們在注射前的CAR T細胞中發(fā)現(xiàn)了一種獨特的基因表達“特征”，這種細胞成為了效應(yīng)T細胞，這種免疫細胞殺死了癌細胞。研究小組發(fā)現(xiàn)了三個基因，它們編碼了在T細胞表面表達的蛋白質(zhì)。攜帶表面蛋白特定組合的細胞成為效應(yīng)T細胞;其他CAR T細胞變得功能失調(diào)。
  
  研究人員在實驗室中收集了CAR T細胞，然后將其給予患者（預(yù)輸注）。研究人員后來從患者那里收集了血液樣本，研究進行了數(shù)月后，他們能夠使用單細胞RNA測序跟蹤輸注的CAR T細胞的命運。
  
  03 一種用于識別CAR T細胞后代的條形碼
  
  研究人員的新方法將T細胞“條形碼”與兒科癌癥患者的單細胞基因表達測序相結(jié)合。這使他們能夠遵循T細胞譜系。從患者身上采集的每個原始T細胞譜系都有一種獨特的蛋白質(zhì)，稱為T細胞受體（TCR）。在患者中，活化的CAR T細胞在遇到癌細胞后會分裂和增殖。因此，來自具有相同TCR的患者的每個T細胞都來自相同的原始T細胞譜系，該譜系在輸注前在實驗室中進行了修飾。因此，TCR可以充當(dāng)CAR T細胞特定譜系的條形碼。
  
  科學(xué)家們對輸液前細胞和治療后患者樣本中的TCR進行了測序。使用機器學(xué)習(xí)，研究人員比較了單細胞測序的遺傳轉(zhuǎn)錄本，看看細胞是否成為效應(yīng)器。通過這種追蹤，研究人員發(fā)現(xiàn)，一小部分輸液前細胞，特別是那些具有前遺體特征的細胞，成為效應(yīng)器并在患者中增殖。
  
  裘德骨髓移植和細胞治療系主席說，“它突出了團隊科學(xué)的優(yōu)點和單細胞技術(shù)與大數(shù)據(jù)分析相結(jié)合的前景從而用于開發(fā)有效的癌癥細胞免疫療法。
  
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